@eitsupi

• R歴二年くらい
• Docker歴半年くらい
  • データサイエンス100本ノック（構造化データ加工編）でDockerに初めて触る。
• 今回初めてRMarkdownでスライド作ってみて泣きそうになっています、今……。

Docker（Linuxコンテナ）を使うメリット

• 環境構築かんたん。
  • Dockerさえセットアップすればどのマシンでも同じように動く（多分）。
• 日本語版WindowsでもShift-JISの呪いから解放される。

rocker/r-ver

• GitHubリポジトリ
• Rの再現性を重視したDockerイメージで、特別な操作をしなくてもRパッケージのバージョンを固定するようになっています。
• よく使われているrocker/tidyverseは、rocker/r-verにRStudio Serverとtidyverseをインストールしたもの。

使い方

Dockerが使える状態なら、すぐにRStudioを使い始められます。

rocker/rstudioのOverviewに載っている例。

$ docker run --rm -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpasswordhere rocker/rstudio

再現性 R4.0.0 (2/2)

以下のようにインストールが進行します。

trying URL 'https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/291/src/contrib/dplyr_1.0.0.tar.gz'

dplyr1.0.0がインストールされているのが分かります。

再現性 R4.0.4 (1/2)

次に、rocker/r-ver:4.0.4上にdplyrパッケージをインストールしてみましょう。

$ docker run --rm -it rocker/r-ver:4.0.4 Rscript -e "install.packages('dplyr')"

再現性 R4.0.4 (2/2)

trying URL 'https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/2021-03-30/src/contrib/dplyr_1.0.5.tar.gz'

今度はdplyr1.0.5がインストールされました。

このように、インストールされているRにあったバージョンのライブラリをインストールするように設定されています。

毎日CRANのスナップショットを保存しそれを提供している、RStudio Package Managerにより実現されています。
毎日のコピーを保存しているなんてすごい！

RStudio設定の永続化

• RStudio Serverの設定は~/.config/rstudioに保管されます(※1.4以降)。
• このディレクトリを永続化してやればコンテナを作り直しても設定が保持される！
• docker-composeを使うのなら複数のオプション設定もかんたん。

version: '3'
services:
    rstudio:
        image: rockerjp/tidyverse
        environment:
            - PASSWORD=yourpasswordhere
        ports:
            - "8787:8787"
        volumes:
            - ./.rstudio_config:/home/rstudio/.config/rstudio
            - ./work:/home/rstudio/work