R-universe
R-multiverse

2024-10-19 第115回R勉強会@東京
@eitsupi

はじめに

自己紹介

@eitsupi
大手製造業 → バイオベンチャー
Excelが嫌になりRを触り初めて5年半
近況：r-polarsの書き直しが終わりません。

Rパッケージ

豊富なパッケージのインストールしやすさはRの魅力の一つ

主なリポジトリとパッケージ数
- CRAN（1997年～）： 21,000以上
- Bioconductor（2001年～）： 2,000以上
- R-universe（2021年～）: 26,000以上

今日はR-universeとR-multiverse（2024年～）を紹介！

リポジトリの仕組み

Rパッケージのリポジトリ 1/3

例えば
- https://cran.r-project.org/ (CRAN)
- https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/ (Bioconductor)
install.packages()関数から呼ばれている関数の中を見てみよう！
- available.packages()
- contrib.url()

Rパッケージのリポジトリ 2/3

関数から参照される階層構造を保持する静的ウェブサイト
src/contrib/, bin/windows/contrib/, …:
パッケージの置いてある階層
- /PACKAGES: パッケージの情報の記載されたファイル
  - https://cran.r-project.org/src/contrib/PACKAGES
  - https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/PACKAGES

Rパッケージのリポジトリ 3/3

https://cran.r-project.org/src/ を開くと、
Apache Serverによりディレクトリ構造を確認できます。

自分でリポジトリを作りたい！

簡単にリポジトリを作成できるよう補助してくれる
Rパッケージが存在

miniCRAN (2014~):
あるリポジトリ内のパッケージと依存関係をローカルにコピーし
リポジトリを生成
（例えばCRANの一部のスナップショットを作成）
drat (2015~):
独自のリポジトリを生成、GitHub Pagesで簡単に公開

自分で作りたい……？

いや、勝手に生えてきてほしい！

今すぐR-universeに登録だ！

R-universeとは

GitHubアカウントだけあれば使える、
自動化されたRパッケージリポジトリ生成プラットフォーム

GitHub上に<ユーザー名>.r-universe.devという名前の
Gitリポジトリを作成
上記のGitリポジトリにpackages.jsonという
パッケージ情報を載せたファイルを追加
r-universe GitHub Appをアカウントに追加

上記手順を行うと¹、GitHub Actionsによりパッケージがビルドされ
R-universe上にそのユーザー名を冠したリポジトリを生成

CRANとR-universeの比較

リリース難度 (1/4)

	CRAN	R-universe
動作チェック	厳しい	緩い
逆依存関係テスト	あり	なし
人力チェック	あり	なし
メンテナの存在確認	厳しい	緩い
過去バージョンアーカイブ	あり	なし²
ビルドツール	古い・乏しい	最新・豊富
リリース頻度	12回/年	1回/時間

リリース難度 (2/4)

CRANはユーザーに優しく、開発者には厳しい³。

開発者は本名とメアド登録必須
テスト厳しい
全バージョン保持（※バイナリ除く）
外部ツールが古かったりなかったりする
- Rustは2023年4月リリースの1.69.0で固定
- Goがない
パッケージにバイナリを含めてはならない

リリース難度 (3/4)

R-universeは開発者には優しいが、ユーザーが使用するときは不安。

外部ツール・バイナリの利用は柔軟
- ビルド中に外部ツールのインストールすら可能
リポジトリは開発者がいつでも削除できる
リリースは開発者がいつでもできる
リリースされたパッケージがテストに通っているか不明
過去バージョンを容易にインストールすることはできない⁴

リリース難度 (4/4)

実際、CRANにリリースできないパッケージでも
R-universeならリリースできている。

例えば……

これらのパッケージを
良い感じにインストールしたい

両方の良いところ取りをした
使いやすいリポジトリが
あればなあ……

その願い、
R-multiverseで叶うかも

R-multiverseとは (1/2)

A community-curated package repository system, powered by R-universe

R-universe上に構築された、
独自の登録基準を持つコミュニティ管理のリポジトリ
- R Consortium Repositories Working Group発祥
- R Consortium後援
- R-universe上での特別扱い
  - 一つの組織で複数のリポジトリを持つ
    （r-multiverseとr-multiverse-staging）
  - パッケージ数制限なし

R-multiverseとは (2/2)

2つのリポジトリ
- GitHubリリースに紐付いたパッケージを収録
  （Communityリポジトリ）
  - 作者の意志でリリースできる
- テストに合格したパッケージのみを収録
  （Productionリポジトリ） ← 2024年11月15日稼働開始予定
  - Communityリポジトリ内の正常に動作するパッケージのみ収録
  - 四半期毎に凍結しリリース頻度を制限
  - 将来的にはPosit Package Managerによりアーカイブも実現？⁵

R-multiverseを使うメリット

「GitHubリリースの作成 = パッケージのリリース」という
一般的に確立された手順でのリリースが保証されている
インストール先として、
開発バージョンを個人のリポジトリから、
リリースバージョンをR-multiverseから、
という使い分けができる
中央集権的リポジトリとして将来性あり

R-multiverseの活用

polarsパッケージは推奨インストール方法に採用

Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")
install.packages("polars", repos = "https://community.r-multiverse.org")

以前の推奨だった独自のリポジトリは、
将来的にプレリリースバージョンの展開に利用予定
(現在は全く同じコミットを参照している)

Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")
install.packages("polars", repos = "https://rpolars.r-universe.dev")

まとめ

CRAN、R-universe、R-multiverseの違いを理解して
快適なRパッケージ生活を！

Enjoy!

脚注

Set up your own universe
R-universe上のパッケージはGitリポジトリのコミットに紐付いているため、Gitリポジトリが部分的にアーカイブの機能を果たしている。
個人の意見です。
renvを使えば可能。R-universe上のパッケージの元になったGitリポジトリのコミットを記録しそのコミットからパッケージをインストールする機能があるため。 https://ropensci.org/blog/2022/01/06/runiverse-renv/
https://github.com/r-multiverse/help/issues/84等で言及あり。

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